Arndt ist später ein ent­schie­de­ner Geg­ner Na­po­le­ons und steigt als sol­cher wäh­rend der Be­frei­ungs­krie­ge zu ei­nem der po­pu­lärs­ten Ver­fas­ser pa­trio­ti­scher Schrif­ten auf. 1818 wird Arndt als Pro­fes­sor an die in die­sem Jahr er­öff­ne­te preu­ßi­sche Uni­ver­si­tät Bonn be­ru­fen, zu de­ren Grün­dung er mit ei­ner 1815 ver­fass­ten Denk­schrift ma­ß­geb­lich bei­trug. Er schwärmt über Bonn und das Rheinland und vergleicht seine neue Heimatstadt mit „einer ländlichen Braut, die einfältig und unschuldig es kaum zu wissen scheint, wie schön sie ist“.  Die ein­set­zen­den Dem­ago­gen­ver­fol­gun­gen bieten der preu­ßi­schen Re­gie­rung jedoch die Ge­le­gen­heit, den un­be­que­men Arndt aus­zu­schal­ten. Nach vor­über­ge­hen­der Ver­haf­tung wird er 1819 von sei­nem Amt sus­pen­diert und darf trotz er­wie­se­ner Un­schuld bis 1840 kei­ne Vor­le­sun­gen mehr ab­hal­ten.

In der Bon­ner Be­völ­ke­rung gilt Arndt als ein Op­fer staat­li­cher Will­kür. Die Nach­richt von sei­ner Re­ha­bi­li­tie­rung durch Kö­nig Fried­rich Wil­helm IV. am 2. Juli 1840 lös­t ei­ne Wel­le von Eh­run­gen aus. Vom Se­nat der Uni­ zum Rek­tor für das Amts­jahr 1840/1841 ge­wählt, kann Arndt sei­nen Pflich­ten nach ei­ner Un­ter­bre­chung von mehr als zwei Jahr­zehn­ten wie­der nach­kom­men.  „Auch wenn sei­ne Wer­ke in vie­len Pas­sa­gen heu­te als über­holt gel­ten, blei­ben sein un­ei­gen­nüt­zi­ger Ein­satz ge­gen die na­po­leo­ni­sche Fremd­herr­schaft und den preu­ßi­schen Po­li­zei­staat da­von un­be­rührt. Sei­ne For­de­run­gen nach ei­ner geis­ti­gen und po­li­ti­schen Über­win­dung deut­scher Klein­staa­te­rei, an de­ren Stel­le ein Na­tio­nal­staat mo­der­ner Prä­gung ent­ste­hen soll­te, ma­chen ihn trotz al­ler Schwä­chen zu ei­nem wich­ti­gen Vi­sio­när und Im­puls­ge­ber der deut­schen Ein­heits­be­we­gung“, schreibt Björn Thomann vom LVR-Institut für Landeskunde und Regionalgeschichte und fasst damit in zwei Sätzen das Vermächtnis des Schriftstellers und Revolutionärs zusammen.

Ernst Moritz Arndt fand seine letzte Ruhestätte auf dem Alten Friedhof in Bonn.