Demnach bereitet sich CSU-Chef Horst Seehofer darauf vor, dass seine Partei nicht für Kanzlerin Angela Merkel (CDU) in den Wahlkampf ziehen wird. CSU-Generalsekretär Andreas Scheuer betonte am Wochenende: "Im Moment liegen wir in einigen wichtigen Fragen inhaltlich auseinander. Es wäre falsch, das unter den Teppich zu kehren." Rückenwind könnte eine neue Umfrage geben, der zufolge mehr Menschen für eine bundesweite Ausdehnung der CSU sind als dagegen.

Gerade in der Flüchtlingspolitik trennen Seehofer und Merkel tiefe Gräben: Sei es beim Thema Obergrenze für aufgenommene Asylsuchende, bei der Fortführung der Grenzkontrollen oder beim EU-Pakt mit der Türkei. "Die CSU bekommt für den klaren Kurs sehr viel Zuspruch in der Bevölkerung", sagte Scheuer der Deutschen Presse-Agentur und betonte: "Die CSU vertritt als eigenständige Partei eine eigenständige Politik innerhalb der Unions-Familie." CDU-Bundesvize Thomas Stobl warnte: "Es nutzt nur einem, wenn die Menschen den Eindruck haben, dass es in der Unionsfamilie Streit gibt: dem politischen Gegner", sagte er den Zeitungen der Funke Mediengruppe.

Scheuer sagte aber auch: "Wir haben den Willen, inhaltliche Differenzen zu überwinden und zu einer gemeinsamen Haltung von CDU und CSU zu kommen." Die Union müsse mit Themen bei den Bürgern wieder Vertrauen gewinnen. Der "Bild am Sonntag" sagte er, Ende Juni wollten die Spitzen von CDU und CSU bei einer Klausurtagung unterschiedliche Ansichten etwa bei Zuwanderungsfragen und "politischer Situationsanalyse" ausräumen.

Andere Konfliktthemen sind der Umgang mit der AfD und Wählerverluste im rechtskonservativen Teil der Union. Auf einer Sitzung der CSU-Strategiekommission für die Bundestagswahl soll Seehofer laut "Spiegel" gesagt haben, falls die CDU in der Auseinandersetzung mit der AfD seinem Kurs nicht folge, müsse die CSU zur Not einen eigenen Wahlkampf bestreiten. Seehofer wolle dann selbst auf Platz eins der Landesliste kandidieren, schreibt das Nachrichtenmagazin.

Den Wählern müsse man dann klarmachen, dass sie nicht Merkel, sondern die CSU wählten, so Seehofer. Die CSU werde in diesem Fall nicht als Unterstützerin der CDU in die Wahl ziehen, sondern als Garant dafür, dass die Kanzlerin ihren Kurs nicht einfach fortsetzen könne.

Merkel hatte am Dienstag gesagt, sie setze bei der Abgrenzung zur AfD auf eine inhaltliche Auseinandersetzung und einen Kurs der politischen Mitte. Bayerns Vize-Ministerpräsidentin und Mitglied im CSU-Vorstand, Ilse Aigner, machte im Bayerischen Rundfunk deutlich, dass ihre Partei im Bundestagswahlkampf auf Seehofer setzen werde. "Ich gehe davon aus, dass wir auf alle Fälle - in welcher Formation - mit Horst Seehofer in die Bundestagswahl gehen."

Schon 2013 hatte die CSU im Bundestagswahlkampf ihre Eigenständigkeit betont. Zwar gab es ein gemeinsames Wahlprogramm. Daneben warb die CSU aber für die Bundestags- und die eine Woche davor stattfindende Landtagswahl mit einem "Bayernplan". Dieser enthielt auch Punkte, die die CSU wegen Widerstands der CDU nicht im gemeinsamen Wahlprogramm unterbringen konnte - etwa die Pkw-Autobahnmaut für Ausländer.

Dass die CSU Wählerpotenzial über die Grenzen Bayerns hinaus hat, belegt eine aktuelle Umfrage des Instituts infratest dimap für die ARD-Reportage-Reihe "#Beckmann". Demnach gab fast die Hälfte der befragten Wahlberechtigten (45 Prozent) an, sie fände eine bundesweite Wählbarkeit der Christsozialen "gut". 40 Prozent fänden dies "nicht gut". Unter Unionsanhängern betragen die Werte 49 Prozent für und 43 Prozent gegen die deutschlandweite Wählbarkeit.