Ellyes Skhiri wurde am 10. Mai 1995 in Lunel, einer französischen Gemeinder in der Nähe von Montpellier als Sohn einer Französin und eines Tunesiers geboren.

Als Jugendlicher beginnt Skhiri seine Karriere beim HSC Montpellier. Im Alter von 17 Jahren spielt er dort in der zweiten Mannschaft.

Im März 2015 gibt Skhiri sein Debüt für die 1. Mannschaft in der französischen Ligue 1.

Gegen LOSC Lille gelingt Skhiri im März 2016 das erste Profi-Tor.

Zwei Jahre später gibt der Mittelfeldspieler sein Debüt in der tunesischen Nationalmannschaft.

Im Sommer 2019 unterschreibt Skhiri einen Vier-Jahres-Vertrag beim FC. Die Ablöse beträgt sechs Millionen Euro.

Bereits am 3. Spieltag erzielt er seinen ersten Treffer. In der Nachspielzeit gegen den SC Freiburg trifft er zum 2:1 für den FC. 

In der Folge-Saison schnürte Skhiri seinen ersten Doppelpack in der Bundesliga. Gegen Dortmund traf der Tunesier im November 2020 gleich doppelt. Köln gewann 2:1.

Skhiri spulte in der Spielzeit 2020/2021 396 Kilometer ab, die meisten der Liga. Mit dem FC hielt er in der Spielzeit knapp die Klasse.

Im Sommer 2021 wollte er den FC verlassen und international spielen. Es kam zu keinem Transferabschluss.

Am 6. Spieltag der Spielzeit 2021/2022 erzielte Skhiri gegen Frankfurt sein erstes Saisontor und den sechsten Bundesliga-Treffer seiner Karriere.