Die Verwaltung hat nun noch mal die Mehrkosten detailliert aufgelistet. Die Kosten liegen letztlich 320.000 Euro über der ursprünglich angepeilten Summe. Die Stadt führt dafür mehrere Gründe an. Dazu beigetragen habe etwa, dass sich nur wenige Bau- und Handwerksfirmen an den Ausschreibungen beteiligt hätten, weil sie ausgelastet gewesen seien. Die Angebotspreise hätten am Ende 20 bis 30 Prozent über den Schätzkosten gelegen. Eine neue Ausschreibung sei nicht möglich gewesen, da es eine Frist gab, um die Fördermittel des Bundes zu bekommen. Der beteiligte sich schließlich mit rund 1,1 Millionen Euro an den Kosten. Vor den Arbeiten war die Stadt davon ausgegangen, dass Umbau und Sanierung rund eine Million Euro kosten würden. Dazu sollten noch einmal 237.000 Euro kommen, um das Museum zu planen und einzurichten. Der Bund hatte maximal 1,3 Millionen Euro für das Projekt zugesagt. Frist war dafür war Dezember 2018. Die Gesamte Summe konnte deswegen nicht abgerufen werden. Letztlich kostete die Sanierung die Stadt etwa 700.000 Euro.

Die Stadt führt in der Vorlage die zusätzlichen Kosten detailliert auf. Um das Haus mit Strom zu versorgen, musste etwa ein Trafo umgebaut werden. Dies sei anfangs nicht bekannt gewesen. Zusammen mit einer notwendigen Netzwerkanbindung wurde so 30.000 Euro mehr fällig. Die Modernisierung des Fachwerkhauses war durch den schlechten baulichen Zustand des alten Fachwerkhauses nötig geworden. Es hatte zudem keinen barrierefreien Zugang und keine sanitären Anlagen. Zudem entsprach die Dauerausstellung nicht mehr den aktuellen Anforderungen. Ende der 1980er Jahre hatte der Bonner Rat den Beschluss gefasst, ein Informationszentrum auf der Waldau einzurichten. Das Haus der Natur kam in einem Fachwerkhaus unter, das aus dem Hunsrück auf den Venusberg übergesiedelt wurden.

Das Haus wurde energetisch saniert und erhielt eine neue Holzfassade. Für Fledermäuse wurde darunter ein Quartier eingerichtet. Außerdem bekam das Haus einen Aufzug, damit das obere Geschoss etwa auch für Rollstuhlfahrer zugänglich ist. Bau- und Umweltdezernent Helmut Wiesner hatte die Pläne vorgestellt und 2017 den Startschuss gegeben, Ende 2018 sollte das Haus der Natur eigentlich öffnen. Bei den Arbeiten entstanden, wie die Stadt aufführt, auch dadurch weitere Kosten, weil eine zusätzliche Treppe gebaut werden musste. Ursprünglich sollte ein Fluchtweg durch den Keller führen. Dies sei aus Brandschutzgründen nicht möglich gewesen. Eine bestehende Treppe ins Obergeschoss konnte aufgrund von Bestimmungen des Arbeitsschutzes nicht wie geplant erhalten werden. Sie musste komplett erneuert werden. Zusätzlich entdeckten die Arbeiter nach der Entkernung und der Ausschachtung, dass Fundament und Fachwerk Mängel aufwiesen. Diese seien vorher nicht zu erkennen gewesen. Es wurden weiter ungeplante Arbeiten am Fachwerk notwendig, außerdem musste die Statik von Decken und Wänden verbessert werden. Die zusätzlichen Kosten für diese Maßnahmen beliefen sich auf 140.000 Euro.

Nach zwei Jahren Umbau und Modernisierung eröffnete das Haus der Natur im Juni 2019. „Die Schau hat direkten Bezug zur Umgebung, nämlich dem Kottenforst. Wir verstehen sie als Waldöffner, denn die Ausstellung soll neugierig darauf machen, was im Wald vor der Haustür passiert“, sagte die Leiterin des Hauses, Frauke Ganswind, im Vorfeld. Bei der Eröffnung konnten Besucher erstmals die neue Dauerausstellung „Großstadtwald“ besichtigen. Darin wird das Konzept der Nachhaltigkeit anhand der Waldnutzung dargestellt. Und wer danach Lust hatte, raus in die Natur zu gehen, für den war es nicht weit in den Kottenforst.